Biskupice swój rodowód wywodzą ze starożytności. Jednym z pierwszych dokumentów, w którym mowa o wsi należącej do gminy, jest zapis związany z organizacją parafii wielickiej w 1044r. przez Benedyktynów z Tyńca.
Rejon gminy Biskupice zasiedlony był co najmniej 700 lat przed naszą erą głównie przez ludy celtyckie przybyłe tu z południowego zachodu Europy. Wykopaliska na Bukowej Górze w Biskupicach dowiodły, że już w epoce brązu istniał tu gród obronny. Jeszcze obecnie można dopatrzyć się pozostałości kolistych wałów i innych urządzeń obronnych. Istnienie tego grodu obronnego dowodzi, że już w okresie brązu było tu kogo i czego bronić. Nawet dziś zauważyć można pozostałości prehistorycznego grodziska z okresu kultury łużyckiej (VII w. p.n.e.).
W XII wieku w Przebieczanach istniał szyb solny stanowiący własność zakonu Bożogrobców z Miechowa. W Biskupicach w średniowieczu istniał kamieniołom zwany „księżym”, jednak na zakup kamienia pozwolić sobie mogli tylko zamożniejsi jak np. dzierżawcy kopalni soli w Wieliczce, którzy istniejący do dziś Zamek Żupny w Wieliczce wybudowali wyłącznie z tego kamienia.